ადმინისტრაციული დეპარტამენტის ფუნქციებია: – სააგენტოს საერთაშორისო ურთიერთობების ორგანიზება და კოორდინაცია; საავიაციო სფეროში მოქმედ საერთაშორისო ორგანიზაციებთან თანამშრომლობა და მათთან ურთიერთობისას საქართველოს ინტერესების დაცვა. სააგენტოს კომპეტენციას მიკუთვნებულ საკითხებთან საერთაშორისო კონფერენციებში, სემინარებში, შეხვედრებში და მათ ორგანიზებაში მონაწილეობა. უცხო ქვეყნის დელეგაციების შეხვედრა-გაცილება, მათ გადაადგილებაში თანხლება, შესაბამისი დოკუმენტების შედგენა.  დარგში მოქმედ პრიორიტეტულ საერთაშორისო კონვენციებთან, ხელშეკრულებებთან და შეთანხმებებთან მიერთებისათვის მოსამზადებელ სამუშაოებში მონაწილეობა და მიერთების შემდგომ გათვალისწინებული თანხლები პროცედურებისა და საქმიანობის განხორციელება დელეგირებული უფლებამოსილების ფარგლებში; სააგენტოს სტრუქტურულ ერთეულებთან ერთად წინადადებების მომზადება საქართველოსათვის პრიორიტეტული საერთაშორისო ორგანიზაციების მოთხოვნებთან ეროვნული კანონმდებლობის ჰარმონიზაციის საკითხებზე; საზოგადოებასთან და მასმედიასთან ურთიერთობა. სააგენტოს საქმიანობის გამჭვირვალობის უზრუნველყოფა და შესაბამის სფეროში არსებული მდგომარეობის შესახებ საზოგადოების ინფორმირება; სააგენტოს ადამიანური რესურსების მართვასთან დაკავშირებული საკითხების ორგანიზება და უზრუნველყოფა; სააგენტოს საქმისწარმოების უზრუნველყოფა; აგრეთვე საკონტროლო დავალებების შესრულების ანალიზი და კონტროლი; საავიაციო ფიქსირებული სატელეკომუნკაციო ქსელის საშუალებების ექსპლუატაცია, კორესპოდენციის მიღება/გაგზავნა;  არქივის წარმოება; სააგენტოს საქმიანობის სამართლებრივი უზრუნველყოფა; სააგენტოს დირექტორის ინდივიდუალური და ნორმატიული ადმინისტრაციულ-სამართლებრივი აქტების სამართლებრივი ექსპერტიზა; საავიციო საქმიანობის მარეგულირებელი ნორმატიული აქტების პროექტების შემუშავებაში მონაწილეობა,  და მოქმედ კანონმდებლობასთან შესაბამისობის უზრუნველყოფა; სააგენტოს წარმომადგენლობა საქართველოს საერთო სასამართლოებში, ადმინისტრაციულ ორგანოებსა და სხვა პირებთან ურთიერთობებში;